As animadas tartarugas, que tanto sucesso fizeram em desenho animado, chegam para a sequência do primeiro filme. Agora, Michelangelo, Donatello, Leonardo e Raphael têm pela frente uma batalha ainda maior, com vilões da pesada. O mundo fica em perigo depois que o supervilão Shredder foge da justiça e junta forças com Baxter Stockman (Tyler Perry), um cientista louco que arquiteta um plano diabólico para conquistar o mundo junto com seus dois capangas, Bebop (Gary Anthony Williams) e Rocksteady (WWE Superstar Stephen "Sheamus" Farrelly).

Para auxiliar as tartarugas retorna April, papel de Megan Fox. As Tartarugas Ninja - Fora das sombras tem direção de David Green.