A questão dos reflexos ambientais do Porto Meridional é um tema que gera divergência de opiniões. A DTA afirma que o projeto tem maiores retornos positivos que impactos, além de não ser de alta complexidade. Porém, a ONG Instituto Curicaca aponta que o empreendimento implica problemas ambientais e sociais para a região.
Um dos efeitos, segundo o coordenador técnico de políticas públicas do Instituto Curicaca, Alexandre Krob, pode ser na biodiversidade marinha, principalmente, envolvendo espécies costeiras migratórias como as baleias francas, golfinhos, leões e lobos marinhos e botos-de-Lahille. Outro receio ressaltado por ele são áreas de restinga da Mata Atlântica que podem ser afetadas por estruturas de deslocamento de veículos e de armazenamento.
"A gente também está preocupado com o impacto de uma ponte que está prevista e que atravessa a lagoa de Itapeva (em Torres)", acrescenta o integrante do Instituto Curicaca. Além disso, Krob chama a atenção para o reflexo cumulativo na região da rodovia da Rota do Sol. Ele defende ainda que o licenciamento ambiental do empreendimento seja feito de forma integrada.
"O órgão licenciador tem que exigir a licença de tudo simultaneamente, porto, retroporto, ponte, alteração de fluxos e considerar todos os impactos cumulativos para tomar uma decisão da licença", sustenta o coordenador técnico de políticas públicas do Instituto Curicaca. Ele acrescenta que o perfil econômico da região está ligado ao turismo e a atividade portuária poderia refletir nesse cenário.