A Polícia Federal (PF) apontou em seu relatório final da Operação Cui Bono indícios de que o ex-ministro Geddel Vieira Lima (MDB-BA) recebeu R$ 16 milhões em propina para influenciar a liberação de recursos da vice-presidência de Pessoa Jurídica da Caixa. No mesmo documento, o delegado Marlon Cajado cita que o ex-presidente da Câmara dos Deputados Eduardo Cunha (MDB-RJ) foi o destinatário de entregas de valores que, somados, alcançam R$ 89 milhões.
Os pagamentos a Geddel e Cunha, segundo a PF, foram feitos por meio do corretor Lúcio Funaro, apontado como operador de propina do grupo político do MDB da Câmara. Os valores teriam sido pagos pelas empresas J&F Investimentos (acionista da JBS), Grupo Marfrig, Grupo Bertin e Grupo Constantino, dono da Gol Linhas Aéreas.
Deflagrada no dia 13 de janeiro de 2017, a Cui Bono investigou irregularidades cometidas na vice-presidência de Pessoa Jurídica da Caixa, durante o período em que foi comandada por Geddel, entre 2011 e 2013. A PF indiciou 16 pessoas pelos crimes de corrupção ativa e passiva, lavagem de dinheiro, organização criminosa e obstrução de Justiça.
Sem poder indiciar o presidente Michel Temer (MDB), a Polícia Federal atribuiu ao presidente "indícios suficientes" de ação na suposta compra do silêncio de Eduardo Cunha. O presidente é apenas citado, e não está entre os indiciados, porque detém foro privilegiado.
Em nota, o advogado Délio Lins e Silva Júnior, que defende Eduardo Cunha, disse que ainda não teve acesso ao relatório e que aguarda para eventual manifestação. O advogado Gamil Foppel, da defesa de Geddel Vieira Lima, não respondeu aos contatos da reportagem até o fechamento da matéria.
A Marfrig afirmou que "o empresário Marcos Molina dos Santos firmou com o Ministério Público Federal um termo de compromisso de reparação de eventuais danos". A defesa do empresário Joesley Batista reafirma que ele é colaborador da Justiça. Em nota, Henrique Constantino diz que "segue colaborando com as autoridades".