Em sua segunda geração, a MT-03 chega com um design inédito, que prima pela agressividade em sua parte dianteira, onde o conjunto óptico é inteiramente em LED. O tanque de combustível está 31,4 milímetros mais largo e sua altura foi reduzida em 20 mm para melhorar a ergonomia, promovendo um melhor encaixe das pernas do piloto, sem alterar a capacidade de 14 litros.
O modelo tem um painel totalmente digital com caracteres grandes, indicadores reposicionados e excelente contraste. Super completo, fornece informações como nível de combustível, indicador de marcha, conta-giros, consumo instantâneo e médio, hodômetro total e dois parciais, relógio, sinalizador de troca de óleo e temperatura do líquido de arrefecimento.
O motor da Yamaha MT-03 é bicilíndrico de 321 cm³, com duplo comando e quatro válvulas por cilindro. Rende potência e torque máximos de 42 cv a 10.750 rpm e de 29,6 Nm a 9.000 giros, respectivamente.
O poder de frenagem da motocicleta é destaque. Na dianteira, atuam uma pinça de duplo pistão e um disco ventilado do tipo flutuante com generosos 298 mm de diâmetro, enquanto, na traseira, há um disco ventilado de 220 mm, acionado por uma pinça com pistão único. Para completar, sistema ABS em ambas as rodas.