A abertura do Pró-Mata para a visitação pública acontece no ano em que se comemoram 30 anos de atividades, mas o projeto teve início ainda no final dos anos de 1980. Na época, o intuito de estabelecer uma área para o ensino, a pesquisa e a conservação ambiental encontrou a parceria da Universidade de Tübingen, da Alemanha. A pedido da reitoria, o professor Jeter Jorge Bertoletti, então diretor do Museu de Ciências e Tecnologia, elaborou o projeto, concluído em 1991 com o apoio do professor Dieter Wittmann, da universidade parceira na Europa.
Em abril de 1993, com recursos próprios e uma doação da empresa Stihl, foram adquiridas diversas propriedades contíguas, totalizando aproximadamente 2,4 mil hectares. Um adicional de área de 700 hectares encontra-se em processo de reivindicação por usucapião. A infraestrutura contou com apoio do município de São Francisco de Paula, por meio dos então prefeitos Décio Colla e Moacir Castelo Branco de Albuquerque, especialmente na abertura de estradas e melhoria dos acessos. Em 5 de outubro de 1994 foi realizada a solenidade de lançamento da pedra fundamental da sede, inaugurada na gestão do reitor Norberto Francisco Rauch.
A evolução para Reserva Particular do Patrimônio Natural (RPPN) ocorreu a partir de 2018, com apoio da Fundação Boticário, concluindo-se em 2019. A RPPN é uma categoria que tem como principal característica a conservação da diversidade biológica. Dessa forma, o Pró-Mata tornou-se uma Unidade de Conservação (UC) de domínio privado, informação gravada com perpetuidade na matrícula do imóvel, assegurando o interesse do proprietário em conservar os ambientes naturais da propriedade.