A identificação e o monitoramento das espécies que vivem no entorno dos trechos da BR-116 que estão sendo duplicados, assim como a constatação e a criação de medidas de mitigação, caso as obras estejam impactando negativamente as vidas dessas populações de animais nativos, fazem parte do trabalho realizado pela equipe do Programa de Monitoramento de Fauna e Bioindicadores, da Gestão Ambiental do Departamento Nacional de Infraestrutura de Transportes (DNIT). Foram realizadas 34 campanhas de monitoramento na área de influência direta do empreendimento, onde identificaram-se 39 espécies de mamíferos, divididas em grande, médio e pequeno portes. Dessas, 14 são de animais de pequeno porte, sendo 10 de roedores nativos e duas de exóticos.

As campanhas de monitoramento são realizadas trimestralmente, com duração de cinco dias consecutivos em cada ponto amostral para os mamíferos de pequeno porte. Para captura dos animais são utilizadas armadilhas, instaladas em seis sítios amostrais, como os arroios encontrados no entorno da BR-116, além das áreas produtivas, como arrozais e campos para pecuária.  Após a captura, os animais passam por um processo de identificação e biometria, em que são analisadas as características de cada espécie.

O rato-do-arroz foi um dos roedores mais registrados durante as campanhas de monitoramento. Já o rato-do-brejo, também conhecido como rato-focinho, apresenta como o nome diz, um focinho longo, parecido com uma pequena tromba, o que facilita na hora de identificá-lo.

Devido à fácil adaptação nos ambientes naturais onde foram realizadas as campanhas de monitoramento, foi constatado que o camundongo-doméstico e o rato-das-casas representaram 14% das espécies de pequenos mamíferos registrados. Os roedores apresentam um papel importante na manutenção dos ecossistemas que coexistem, pois são responsáveis pela dispersão de sementes, controlando a dinâmica das espécies de insetos, e sendo a base da cadeia alimentar de muitos carnívoros como canídeos e felinos, além de serpentes e aves.